Příprava PGT příbuzní

Vyšetření DNA příbuzných pacientky metodou karyomapping ( SNP array) za účelem stanovení rodičovského původu úseků chromozomů u vyšetřovaných embryí a k případné detekci různých typů genetických poruch, včetně monogenních.

K provedení PGT metodou karyomapping je vždy potřeba zařadit k vyšetření vzorky dalších příbuzných (včetně partnera) získané izolací DNA z vhodného primárního materiálu, kterým je v ideálním případě periferní krev. Vyšetření pak probíhá analýzou DNA pacientky a příbuzných spolu s amplifikovanou DNA embryí s využitím technologie SNP array. Pomocí detekce fluorescence na speciálním čipu je možné stanovit nukleotidové složení a tím i genotyp u jednotlivých značek (SNP) na přesně definovaných pozicích v genomu člověka. K analýze se využívá přibližně 700 000 SNP rovnoměrně pokrývajících všechny chromozomy a celý genom. Vyhodnocením intenzity fluorescence ve dvou kanálech u všech SNP na čipu se získá informace o genotypu a vzájemném poměru alel v rámci jednotlivých SNP i celého genomu. SNP alely jsou přenášeny z rodičů na potomstvo na principu medelistické dědičnosti. V poslední fázi jsou získaná SNP data digitálně vyhodnocena sérií aplikací s cílem získat informativní SNP markery vhodné k určení genotypu embrya ve vyšetřovaném genu.

Genotypizace embryí probíhá metodou nepřímé genetické diagnostiky, kdy se místo samotné mutace vyšetřují SNP markery, které jsou s ní ve vazbě (na jednom vlákně DNA). Sestavu všech SNP markerů ve vazbě s mutantní, nebo normální alelou nazýváme haplotyp. K určení haplotypu slouží takové SNP markery, které jsou vyhodnoceny jako informativní v rámci společné SNP analýzy tria vzorků – pacientka, partner a příbuzný. Základním předpokladem pro správné určení haplotypu ve vazbě s mutantní, nebo normální alelou je správně určený genotyp jedince na základě předchozího genetického vyšetření a znalost příbuzenský vztahů v rámci tria. Spolehlivost genotypizace embryí závisí na kvalitě a spolehlivosti informací využitých pro vazebnou analýzu. Spolu se vzorkem příbuzného je třeba k vyšetření dodat kvalitní a spolehlivé zprávy o výsledku genetického vyšetření z akreditované laboratoře. Pokud taková zpráva není k dispozici, je nutné k určení genotypu příbuzného indikovat vhodné prediktivní vyšetření. V případě neinformativního výsledku vazebné analýzy u tria je možné pro určení haplotypů využít vzorek DNA jiného příbuzného, nebo provést přímou detekci mutace u amplifikované DNA z embryí v rámci PGT-M.