Onkopanel CZECANCA

Cílem vyšetření je identifikace pacientů/rodin s vrozenou dispozicí k určitým typům nádorů, specifikace onkologického rizika pro členy rodin se zatíženou onkologickou anamnézou a doporučení vhodné prevence v těchto rodinách. Detekují se mutace v kódujících oblastech a přilehlých nekódujících oblastech genů obsažených v panelu CZECANCA dle klinické indikace. 

Vyšetření se provádí pomocí masivně paralelního sekvenování na platformě Illumina (NovaSeq Xplus) z celoexomových dat (WES) a to za použití virtuálního panelu CZECANCA. Tento panel zahrnuje 226 genů asociovaných s dědičnými nádorovými onemocněními. Minimální hloubka sekvenování 30x je dosažena na >97 % cílových oblastí. Získaná data jsou analyzována vlastním vyvinutým bioinformatickým hodnocením, které zahrnuje mapování k referenční sekvenci genomu GRCh38, variant calling, anotaci aktuální verzí Ensembl a filtraci klinicky významných variant dle řady anotačních výstupů z populačních, klinických a predikčních databází. Každý z výše uvedených kroků je doplněn kontrolou kvality.
Intronové varianty jsou posuzovány pro vliv na sestřih pre-mRNA v rozsahu +/- 15bp od hranice exonu. Varianty v 5' a 3' UTR oblastech jsou reportovány v případě, kdy je v klinických databázích evidence o jejich patogenním dopadu. Reportovány jsou výsledky pouze u vzorků, které prošly bioinformatickou kontrolou kvality (např. phred score quality, hloubka sekvenování, uniformita pokrytí).

Klinická interpretace nalezených genetických variant je prováděna odbornými pracovníky na základě obsahu indikace k vyšetření, revize relevantní vědecké literatury, externích databází, interní klinicko-genetické databáze a manuální inspekcí sekvenačních dat v Alamut Visual nebo IGV. Veškerá dostupná evidence identifikovaných variant je klasifikována dle Postupu interpretace variant MGL GENNET na základě IACR* standardů, ACMG guidelines (PMID: 25741868) a specifikujících postupů (PMID: 28492532, doi: 10.1136/jmedgenet-2020-107248) a HGVS genetické nomenklatury. Status klinického významu databáze ClinVar je periodicky kontrolován s vydáním nové verze Ensembl a při zvýšení patogenicity (na class 4/5)  u již reportované varianty je vydána aktualizovaná laboratorní zpráva pro dotčené pacienty. Vyhodnocení jsou provedena dle SOP -MGL-013, analýza je zaměřena především na indikované geny, nebo skupinu genů. V případě nálezu varianty class 4/5 v některém z genů uvedených v Záznamu o flexibilitě je taková varianta vždy reportována nehledě na indikaci. U genů BMPR1A a SDHA, u kterých je z důvodu výskytu rozsáhlých homologních pseudogenních sekvencí snížena senzitivita metody, jsou konfirmovány a reportovány pouze varianty class 4/5. V případě potřeby je možné analýzu rozšířit na další požadované geny obsažené v panelu. Detekce exonových delecí a duplikací a větších genových přestaveb v genech ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, NBN, PALB2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, APC, MUTYH, POLD1, POLE a indikovaných akreditovaných genech je u vzorků splňujících kvalitativní kritéria provedena analýzou pokrytí NGS dat cílových oblastí panelu CZECANCA. Konfirmace CNV nálezů je provedena MLPA analýzou, pokud je dostupná.

Kdy je genetické vyšetření u pacientů s onkologickým onemocněním (nebo jejich příbuzných) vhodné:

• v případě diagnózy nádorového onemocnění v neobvykle mladém věku,
• u osob s různými typy nádorového onemocnění,
• při výskytu oboustranných nádorů v párových orgánech,
• při opakovaném výskytu stejného typu nádorového onemocnění (např. karcinomu prsu nebo karcinomu tlustého střeva a konečníku) v rodině,
• při kombinaci určitých typů nádorů u blízkých příbuzných (karcinom prsu) a vaječníků, karcinom střeva a dělohy), zvláště pak v případech, kdy k manifestaci onemocnění došlo v mladším věku.

O indikaci genetického vyšetření rozhoduje klinický genetik na základě rozboru osobní a rodinné anamnézy pacienta, pokud jsou splněna tzv. „indikační kritéria“ pro vyšetření některého z dědičných nádorových syndromů, jako jsou například Hereditární karcinom prsu a vaječníků, Lynchův syndrom, Familární adenomatózní polypóza, Li- Fraumeni syndrom, Tuberózní skleróza apod.

Indikační kritéria vznikla jako konsensus odborných společností Onkologické a SLG ČLS JEP a byla publikována v Supplementech Klinické onkologie v roce 2009, 2012 a 2016 (www.mou.cz). Pro vyšetření dědičné dispozice k nádorovým chorobám metodou NGS onkopanelem CZECANCA má laboratoř udělenu flexibilitu, jedná se o akreditovaný režim validace postupu vyšetření nového genu v rámci stanovení diagnózy  onkologického onemocnění. Součástí tohoto režimu je oznamování nových verzí vyšetřovacích postupů, sledování výsledků interních a externích kontrol  kvality vyšetření a v případě zjištěných nedostatků, stažení a revize výsledků vyšetření, včetně těsné komunikace s indikujícími lékaři.