Klinický exom - pokrevní příbuzní probanda

Klinický exom se vyšetřuje metodou masivně paralelního sekvenování na platformě Illumina (NovaSeq Xplus) z celoexomových dat (WES) a to za použití virtuálních panelů. Vyšetření zahrnuje analýzu identifikující potencionálně kauzální varianty dle prioritizace závislé na fenotypu pro dané modely dědičnosti vyšetřované rodiny. Minimální hloubka sekvenování 30x je dosažena na >98 % cílových oblastí. Získaná data jsou analyzována vlastním vyvinutým bioinformatickým hodnocením, které zahrnuje mapování k referenční sekvenci genomu GRCh38, variant calling, anotaci aktuální verzí Ensembl a filtraci klinicky významných variant dle řady anotačních výstupů z populačních, klinických a predikčních databází. Každý z výše uvedených kroků je doplněn kontrolou kvality.

Intronové varianty jsou posuzovány pro vliv na sestřih pre-mRNA v rozsahu +/- 15bp od hranice exonu. Varianty v 5' a 3' UTR oblastech jsou reportovány v případě, kdy je v klinických databázích evidence o jejich patogenním dopadu. Reportovány jsou výsledky pouze u vzorků, které prošly bioinformatickou kontrolou kvality (např. phred score quality, hloubka sekvenování, uniformita pokrytí).

Klinická interpretace nalezených genetických variant je prováděna odbornými pracovníky na základě obsahu indikace k vyšetření, revize relevantní vědecké literatury, externích databází, interní klinicko-genetické databáze a manuální inspekcí sekvenačních dat. Veškerá dostupná evidence identifikovaných variant byla klasifikována dle Postupu interpretace variant MGL Gennet na základě IACR**** standardů, ACMG guidelines (PMID: 25741868) a specifikujících postupů (PMID: 28492532, doi: 10.1136/jmedgenet-2020-107248) a HGVS genetické nomenklatury. Status klinického významu databáze ClinVar je periodicky kontrolován s vydáním nové verze Ensembl. U pacientů, u kterých s vydáním nové verze databáze došlo ke změně klasifikace patogenicity (na class 4/5) již reportovaných variant, vydáváme aktualizovanou laboratorní zprávu. V laboratorní zprávě jsou reportovány také incidentální nálezy patogenních a pravděpodobně patogenních variant (class 4 a 5) v genech dle ACMG (PMID: 27854360) guidelines, v nádorově predispozičních genech reportovaných naší laboratoří v rámci vyšetření CZECANCA a v genech reportovaných v naší laboratoři v rámci vyšetření CarrierTest. Výběr variant pro reportování do klinické zprávy pacienta náleží ošetřujícímu klinickému genetikovi.

• Rekurentní těhotenské ztráty (SAB, UUT pro opakovaný závažný fenotyp)
  Trio/Quatro analýza: Matka – Otec – Plod(y) – Potomci bez fenotypu
• Postnatálně pro závažný fenotyp u dětí i dospělých
  Trio/Quatro analýza: Matka – Otec – Potomek s fenotypem – Potomci bez fenotypu
• Postnatálně pro výskyt nádorových onemocnění v RA/ v mladém věku, s negativním výsledkem z panelu Czecanca
  Duo/Trio/Single: relevantní členové rodiny s/bez fenotypu
• Postnatálně pro fenotyp dědičného onemocnění vyžadující kompletní NGS analýzu vice genů 
  Duo/Trio/Single: relevantní členové rodiny s/bez fenotypu

O indikaci genetického vyšetření rozhoduje klinický genetik na základě rozboru osobní a rodinné anamnézy pacienta.