Kaskádové prenatální vyšetření plodu s vyloučením maternální kontaminace

Při kaskádovém prenatálním vyšetření je vzorek v prvním kroku vyšetřen metodou QF-PCR pro rychlé stanovení aneuploidií chromozomů souvisejících se závažnými genetickými postiženími a syndromy. U plodové vody a choriových klků se používá standardní set markerů pro chromozomy 13, 18, 21, X a Y. Provádí se analýzou polymorfních STR markerů zahrnující PCR techniku a kapilární elektroforézu. Metoda využívá multiplexní QF-PCR k namnožení většího počtu fluorescenčně značených DNA fragmentů specifických STR markerů na vyšetřovaných chromozomech v jediné reakci. DNA fragmenty jsou po amplifikaci následně separovány, detekovány a analyzovány pomocí kapilární elektroforézy a příslušného softwaru na genetickém analyzátoru. Fragmenty jednotlivých STR markerů jsou specifikovány délkou a typem fluorescenčního značení. Každý fluorescenčně značený DNA fragment se zobrazí jako peak s určitou výškou/plochou, která je úměrná množství DNA. 

Pro metodu QF-PCR je charakteristických několik setů, které se liší použitými STR markery a vhodností užití: standardní set markerů se používá u vyšetření chromozomů 13, 18, 21, X a Y u DNA z choriových klků, plodové vody anebo tkáně potraceného plodu, popř. krve matky pro vyloučení maternální kontaminace. V případě nedostatečné informativity STR markerů a k ověření nálezů u vyšetřovaných vzorků se použijí nadstavbové sety markerů pro tyto chromozomy. V případě potracených plodů (SAB) se v případě vyloučení těchto nejčastějších aneuploidií použijí sety SAB-nadstavba I a II k vyšetření chromozomů 2, 4, 6, 7, 14, 15, 16 a 22. 

Pro vyloučení maternální kontaminace (zejména u choriových klků) je stejným setem markerů vyšetřena periferní krev matky. V případě normálního výsledku QF-PCR je vzorek dále vyšetřen metodou SNP array pro celogenomovou detekci submikroskopických chromozomálních aberací. Pokud je výsledek některé z metod nejednoznačný (možná mozaika nebo chromozomální přestavba), je kaskáda doplněna vyšetřením karyotypu.